На мой взгляд, если будущие родители сознательно подходят к вопросу планирования и зачатия ребенка, то тогда имеет смысл пройти обследование. Насколько поняла, Вы и являетесь такой парой, так как уже пошли к врачу.
Касаемо приведенных Вами анализов, так и во время беременности два раза проходят обследование на ВИЧ и сифилис, это же не говорит о том, что женщина больна или заразилась к концу беременности перед родами. Такова процедура.
Если же выявлено заболевание, то тогда и сами роды ведутся по-другому. У женщины, носительницы ВИЧ-инфекции может родиться вполне здоровый ребенок, если правильно пройдут роды.