Забеременела, сразу после этого начал болеть живот. Лежала на стационаре на сохранении беременности. Но на 12 неделе плод замер. После чистки добивалась от врачей причины случившегося. В генетическом центре по анализам нашли наличие хламидиоза. Откуда он мог взяться, если до и после беременности по всем анализам было все в порядке? Как может появиться сама эта болезнь, если мы с мужем ею никогда не болели?

Что значит "появиться сама эта болезнь"? Если у вас выявили болезнь, значит вы ею больны.
А раз не знали об этом, значит болезнь протекала бессимптомно. Возможно, еще со времени внебрачной жизни. Кроме основного полового пути передачи заболевания возможен контактно-бытовой - с рук на слизистые, например через слизистую глаз.

Вы могли заразиться хламидиозом до наступления беременности. Заболевание протекало бессимптомно, или были незначительные выделения, Вы могли не обратить внимание.
Понимаю как Вам больно, но хорошо, что нашли причину замершей беременности. Теперь Вам надо лечиться вместе с мужем.
На фоне беременности проявляются многие скрытые инфекции. Молочницы редко кому удается избежать.